Le Musée d'histoire naturelle de l'Académie des sciences de Sienne, appelé De 'Fisiocritici, a été créé lors de la fondation de l'Académie (1691).
Le musée s'appelle Natural History car il regroupe des objets provenant des trois principaux règnes de la nature: animal, végétal et minéral.
Le Musée est né et s'est développé, à la fin du XVIIe siècle, principalement grâce aux dons des collections d'étude de nombreux Fisiocritici et amoureux des sciences naturelles.
Le but des collections était de rechercher et de montrer publiquement la vérité sur les phénomènes de la nature.

Les découvertes ont grandi avec les collections de Giuseppe Baldassarri (1705-1785), médecin et professeur d'histoire naturelle à l'Université de Sienne, ainsi que surintendant de la collection d'histoire naturelle de l'Académie et président de la même commission jusqu'à sa mort .
À celles-ci ont été ajoutées les collections de Biagio Bartalini (1750-1822) qui lui a succédé à la présidence et aux soins du musée.
Le Musée a fait preuve de cohérence dans la seconde moitié du XVIIIe siècle en s’enrichissant au fil du temps par des dons; collecte des collections principalement du sud de la Toscane.
Vers 1970, le musée est restauré en conservant l'exposition du XIXe siècle. des améliorations sont constamment apportées pour une plus grande facilité d'utilisation éducative.
Depuis 1996, il fait partie du système des musées de Sienne, aujourd'hui la Fondation des musées de Sienne.